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Nature Methods:极准确的新测序技术

文章作者:www.cs-vaccine.com发布时间:2019-10-01浏览次数:779

传统的高通量测序产生了许多错误,掩盖了基因组中罕见的突变。不久前,科学家们开发了一种新的测序方法,成功地将信号和背景噪声分离出来,从而获得极其精确的测序结果。

肿瘤是一种异质细胞的混合物,可以通过测序来检测,但成本较高,容易出错。华盛顿大学的研究团队开发了一种新的测序技术,将目标序列纯化与高精度DNA测序相结合。这一成果发表在最近一期的《自然方法》上。

华盛顿大学的资深作者劳伦斯勒布说:“这项技术可以帮助人们检测对靶向药物有抵抗力的突变,并更好地监测癌症的复发。”它可以与全基因组测序相结合,为癌症治疗提供指导。

这种测序技术使用两个生物素化的DNA寡核苷酸进行两轮捕获,然后进行双测序。双测序是Loeb等人先前开发的一种高精度测序技术。它使用一个特殊的分子标记来分别扩增和测序两条DNA链。如果在两条链的同一位置发生突变,则认为该突变是真的;如果仅在一条链上发生突变,则认为该突变是序列错误。

研究人员使用生物素化探针捕获人类基因组中abl1基因的外显子。abl1基因与伊马替尼耐药有关,伊马替尼是一种治疗慢性粒细胞白血病CML的药物。他们通过两轮捕获(与传统方法相比)获得了极高的序列深度和覆盖率。(扩展阅读:遗传学大牛自然发表新技术:单分子相互作用测序)

研究人员选择了一名在伊马替尼治疗后复发的CML患者。传统的高通量测序未发现任何与耐药性相关的突变,他们的新技术确定了E279K突变,已知其对伊马替尼具有抗性。

外显子或基因组的双重测序是昂贵的,但是该技术适用于测序较小的基因组区域,例如人类样品中的人外显子或病毒序列。

研究人员将利用这项技术研究不同癌症患者的药物敏感性和疾病复发风险。他们还将进一步优化该技术以对单个循环癌细胞进行测序。 “除癌症外,这项技术还可用于法医检验,”华盛顿大学的Michael Schmitt说,该文章的第一作者。 “这项技术可以帮助人们解决更多生物问题。”